棚室甜瓜效益较好，但是由于连作种植，导致病害发生率越来越高，严重影响甜瓜的品质与产量，为瓜农朋友造成了较大的经济损失。因此做好病害的预防工作，意义重大。
根腐病病发初期，根部颜色变为淡褐色。严重时毛细根腐烂，主根与侧根有间断腐烂斑，后期逐渐萎蔫死亡。
防治：可用甲基托布津倍液混多宁倍液灌根。
枯萎病病发初期，中午萎蔫，早晚恢复，几天后植株死亡。
防治：可用倍植力生十倍甲基托布津十倍多宁灌根。
蔓枯病苗期与成株期均可危害，主要对叶片与蔓茎危害。苗期在茎基部或嫁接口处易发病，成株期易在蔓茎部或节间以及叶部发病，发病初有时溢出琥珀色或白色胶状物，后干缩纵裂，植株死之。
防治：可用倍植力生+倍安泰生+倍甲基托布津喷治。
溃疡病病发初期，茎基部呈水浸状病斑，湿度大时有白色菌脓溢出，严重时烂蔓，植株死亡。
防治：可用倍佳爽或倍多宁或倍克菌康喷雾防治。
炭疽病苗期与成株期均可危害。发病初期，叶片边缘形成圆形褐色病斑，稍凹陷。湿度大时，病斑呈淡灰至红褐色，略成湿润状，严重时叶片干枯。
防治：可用25％咪鲜胺乳油倍液或咪鲜胺锰盐可湿性粉剂1倍液防治。
霜霉病、疫病可用甲霜灵锰锌、霜疫清、普力克等防治。
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