俗称“串花”或“串种”。实际上，所谓生物学混杂，就是不同品种间的天然杂交。甜瓜是异花授粉作物，在几个品种混植的情况下，由于昆虫传粉的缘故，天然杂交百分率很高。
据在新疆吐鲁番调查，甜瓜品种“夏黄皮”的纯度，在自然混种的情况下，每年以7.57%的比率下降（~年4年平均值）。随着品种纯度的下降，甜瓜果实品质也急剧下降。同上调在，4年间“春黄皮”甜瓜果实含糖率下降1.9~3.0%。事实证明，甜瓜种子退化混杂的主要原因是异花授粉在多个品种混种下所造成的生物学混杂。由于花器构造不一致，生物学混杂的程度也有所差异，很可能单性雌花的品种比雌花两性花的混杂程度更严重。我国栽培的甜瓜品种几次全是两性雄花，估计其生物学混杂程度和比率较以单性雌花为主的西瓜为轻。
机械混杂系指人为造成的失误，使异品种的种子混入。种子的机械混杂通常发生在收获、采种、清洗、晾晒、精选、贮藏、运输、浸种、播种等过程中。但只要严格执行操作规程，加强责任心，各个环节都严格把关，便可将机械混杂降低到最低程度。另一种机械混杂是指砂石、土块、泥沙、杂草籽的混入。只要严格清洗、晾晒、精选是不难把这些异物清除掉的。值得注意的是，由于异品种种子的机械混杂，播种出苗后便会造成开花期中的生物学混杂，其波及范围将会大得多，造成的影响和损失也就更为严重。
自然突变指的是田间植株由于受到外界环境条件变化的刺激（如低温、雷电、虫害、辐射、化学物质、微量元素等）引起基因突变，就会造成种性的变异，尽管自然突变发生的机率很低，但却不可忽视。这些突变型多是可遗传的，因而也会造成种子的混杂。由于自然突变大多是难于用肉眼识别的微效基因或隐性基因，因此难于剔出，到一定时期后，采用换代种子全部更新，可以减轻损失。
在农村自然经济情况下，采种和留种往往是瓜农自己完成的。这种非专业性的采、留种方法弊病甚多。首先是瓜农对品种特征特性不熟悉，掌握不住选留标准。习惯上是以留大瓜为种瓜，用手指甲划出“x为标记。这种留种瓜方法恰好容易把生物学混杂的杂交瓜留下做种。从理论上讲，单凭表现型来确定遗传性是不完全的，但这种习惯留种法就连品种的表现型都不能顾及，就片面以单瓜大小为选留的唯一标准，造成的错误就更大了。其次，生产瓜与留种瓜混种，很容易形成先照顾上市商品的需要，把好瓜先挑选出来上市，遗留下来的作采种，这样留下的种子怎能保证质量呢？
第三，这种自然状态下的采种，无法限制生物学混杂（因不能设置隔离带），单纯用表现型来选择种瓜，也不能剔出当年天然杂交的果实。因此，在多品种混植的条件下，任何选留种的标准都是不可靠的。
留种瓜地田间施肥、灌水、整枝、病虫防治等管理质量不能保证，造成植株生长发育失调，大量非品种典型瓜的出现和畸形瓜所占比例扩大，造成采种、留种的困难。不仅如此，采留非典型果实留种，会增大自然突变体的数量，同时也严重降低种子的生活力和千粒重发芽率、发芽势等种子质量指标。